三年级学生在使用钢笔时，通常会选择使用黑色的墨囊。这是因为黑色墨囊对于字迹的清晰度和可读性更加优秀。相反，蓝色墨囊的颜色相对比较轻，容易出现字迹模糊和不易分辨的情况。

此外，黑色墨囊也更加适合正式场合，如考试、作文等。在这些场合下，要求学生书写的字体应该清晰、整洁，黑色墨水能够更好地满足这一要求。

当然，使用蓝色墨囊也并非完全没有优点。在绘画、涂鸦等创意性活动中，蓝色墨囊则更具有创造性和艺术性。此外，蓝色墨囊也可以作为一种个性化的选择，展示每个学生独特的风格和个性。

综上所述，对于三年级学生来说，黑色墨囊更加适合日常书写和正式场合，而蓝色墨囊则更适合创意性活动和个性化选择。