在佩恩袭击木叶村之后，整个村庄都被夷为平地，无数人失去了家园和亲人。火影宣布了紧急状态，并且全村动员起来修复受损的地方，救助受伤的人们。在这段时间里，木叶忍者们也开始疏散村民，保卫他们的安全。

在这段时间里，佩恩并没有回归主线任务。木叶忍者们开始调查佩恩的身份和他的目的。他们深入调查，搜集情报，并与其他忍者村庄交流。在这个过程中，他们发现了佩恩的真正身份，以及他背后的组织——秽土转生。他们也了解到，佩恩的行动并不是单纯的报复，而是为了实现他的理想。

随着时间的推移，木叶村逐渐恢复了生机。重要的建筑物得到了修复，人们也开始重建自己的家园。在这个时候，佩恩终于回归了主线任务。他再次袭击了木叶村，并与火影展开了一场惊心动魄的战斗。在这场战斗中，佩恩揭示了他的真正目的，并展现了他的强大实力。最终，火影以身犯险，用自己的生命换来了木叶村的和平。

总的来说，佩恩袭击木叶之后，木叶忍者们并没有立刻回到主线任务中。他们花费了一段时间来调查佩恩的身份和目的，并保护了村民的安全。直到佩恩再次袭击木叶村，他们才回到主线任务中，与佩恩展开了决战。