提车时，购车者需要将车辆的合格证放在4S店进行备案。但是，许多购车者对于将合格证放在4S店是否安全和可靠存在疑虑。

首先，将合格证放在4S店是一种常见的做法。4S店作为汽车销售和服务的专业机构，其具有相关的管理和保护措施，能够有效地保证合格证的安全性。一般来说，4S店设有专门的档案室，负责存放所有车主的合格证和相关车辆信息，确保数据的安全。

其次，购车者也可以选择将合格证放在自己手中，但是这样也存在一定的风险。如果合格证遗失或者损坏，将会给车主带来麻烦和经济损失，而且还需要重新办理相关手续，浪费时间和精力。相比之下，将合格证放在4S店，可以避免这些问题。

最后，购车者可以通过多种方式来保证合格证的安全。在提车时，要仔细核对合格证的相关信息，确保信息的准确性。同时，需要注意4S店的信誉和口碑，选择有良好服务和信誉的4S店，以确保合格证的安全性和可靠性。

总之，将合格证放在4S店是一种安全和可靠的做法，但是购车者也需要注意相关的管理和保护措施，确保自身的权益和利益。