物质是由原子组成的，这是科学事实。原子是构成物质的基本单位，它们是由质子、中子和电子组成的。质子和中子聚集在原子核中，而电子则围绕核心运动。不同的原子具有不同数量的质子、中子和电子，因此它们的物理和化学性质也不同。

原子的种类非常多，目前已知的元素有118种。不同的元素由不同的原子组成。例如，氧气由两个氧原子组成，水分子由一个氧原子和两个氢原子组成。在化学反应中，原子可以重新排列，但不会被创建或破坏。

原子是极小的，通常只有几个纳米米大小。由于它们太小，因此我们无法直接观察到原子。但是，通过使用电子显微镜等技术，科学家已经能够观察到原子的图像。

因此，可以得出结论：物质是由原子组成的。这个理论已经被广泛接受，并且在科学研究和工业应用中广泛使用。