京东旗舰店和专卖店是京东电商平台上的两种不同类型的店铺，它们之间有着一些明显的区别。

首先，京东旗舰店是由品牌商家自行开设的，品牌商家可以在自己的旗舰店中售卖自己的品牌商品。而专卖店则是由京东电商平台邀请的品牌商家，在平台上开设的店铺，主要售卖该品牌的商品。

其次，京东旗舰店和专卖店在售卖商品的种类上也有所不同。京东旗舰店通常会售卖自己品牌的所有商品，而专卖店则只售卖该品牌的部分商品，或者是该品牌的某一系列商品。

另外，京东旗舰店和专卖店在价格上也有区别。由于京东旗舰店是由品牌商家自行开设的，因此他们可以通过自主定价来控制商品价格。而专卖店则需要遵循平台的价格规定，价格相对更为统一。

最后，京东旗舰店和专卖店在售后服务方面也有所不同。由于京东旗舰店是品牌商家自行经营的，因此他们可以提供更为个性化的售后服务。而专卖店则需要按照平台的售后服务规定来执行。

综上所述，京东旗舰店和专卖店虽然都是京东电商平台上的店铺，但它们之间存在着一些明显的区别。消费者在购物时需要根据自己的需求和喜好，选择适合自己的店铺进行购买。