汽车合格证是汽车生产厂家出具的证明车辆符合国家标准要求的重要文书。在购买新车时，消费者需要携带汽车合格证到车管所进行车辆上牌。那么，一旦汽车上了牌照之后，汽车合格证由谁保管呢？

根据我国相关法律法规规定，汽车合格证应由车主妥善保管。车主可以选择将合格证存放在车内的安全地方，或者将其放置在家中保险柜等安全处。在日常行驶过程中，车主应当随时保持合格证的完整性和清洁度，以便在需要时能够及时使用。

除了车主之外，汽车合格证还应当留存在车辆管理机构的档案中。这是为了保证车辆的合法合规性，方便车辆管理机构进行车辆信息管理和监管。在车辆管理机构办理相关手续时，如车辆转移、变更等，需要提供汽车合格证或其副本。

需要注意的是，一旦汽车合格证遗失或损坏，车主需要及时向车辆管理机构申请补办。车主需要提交相关证明材料，并缴纳相应的费用。补办成功后，新的合格证应当妥善保管，并及时更新车辆管理机构的档案信息。

综上所述，汽车合格证在车辆上牌之后，应由车主妥善保管。同时，车辆管理机构也应当将合格证留存在档案中，以方便管理和监管。在日常使用中，车主应当注意合格证的保管和维护，确保车辆合法合规，并及时申请补办，以保证车辆信息的完整性和准确性。