交通违章代码1039指的是“违反红灯指示停车的”，这是一种比较常见的交通违法行为。对于这种违法行为，根据《道路交通安全法》和《机动车驾驶证申领和使用规定》，一般情况下是需要扣除相应的驾驶积分的。

根据具体情况来看，每个违法行为所扣除的驾驶积分是不同的。对于违反红灯指示停车的这种违法行为，根据《机动车驾驶证申领和使用规定》的规定，扣除的驾驶积分应该是3分。也就是说，如果驾驶人在驾驶过程中违反了红灯指示停车的规定，就会被扣除3分驾驶积分。

那么为什么会扣除驾驶积分呢？这是因为交通违法行为对于道路交通安全有着很大的影响，如果不对这些违法行为进行惩罚，就会对整个交通环境造成不良影响。扣除驾驶积分的目的就是为了让驾驶人更加遵守交通规则，提高交通安全意识，减少交通事故的发生。

总之，交通违章代码1039所指的违反红灯指示停车的行为是需要扣除驾驶积分的。这不仅是对于驾驶人的惩罚，更是对于整个交通环境的保护和整治。希望大家能够自觉遵守交通规则，共同营造良好的交通环境。