低聚木糖和低聚果糖是两种常见的低聚糖，它们在化学结构和生理功能上存在一些差异。

首先，低聚木糖是由木糖分子通过酸性或酶催化反应缩合而成的，而低聚果糖是由果糖分子缩合而成的。因此，它们的分子结构不同，低聚木糖的结构中含有木糖基团，而低聚果糖的结构中含有果糖基团。

其次，它们的生理功能也有所不同。低聚木糖主要存在于一些植物中，如木薯、葵花籽等，具有预防便秘、调节肠道菌群、增强免疫力等作用。低聚果糖则主要存在于水果、蔬菜、豆类等食物中，能够促进钙、镁等矿物质的吸收，调节血糖、血脂等，对于糖尿病、高血压等患者具有一定的辅助治疗作用。

最后，它们在实际应用中也有所差异。低聚木糖主要用于功能性食品的生产中，如饮料、酸奶、面包等；而低聚果糖则常用于保健品、医药中，如肠道调节剂、钙镁补充剂等。

综上所述，低聚木糖与低聚果糖虽然都是低聚糖，但它们的结构、功能和应用领域都存在一些差异。在选择食品或保健品时，需要根据自身需要和特点进行选择。