小规模纳税人是指年度销售额不超过500万元的纳税人。在计算地方水利基金时，需要注意以下几点：

1. 地方水利基金税率

地方水利基金税率为0.2%，即纳税人应按照销售额的0.2%缴纳地方水利基金。

2. 计算地方水利基金时的扣除额

小规模纳税人在计算地方水利基金时可以享受扣除额。扣除额的计算公式为：销售额×5%×0.2%。

例如，某小规模纳税人年度销售额为100万元，则其应缴纳地方水利基金的金额为100万元×0.2%=2000元。但是，该纳税人可以享受扣除额，扣除额为100万元×5%×0.2%=100元，因此其实际应缴纳的地方水利基金金额为2000元-100元=1900元。

3. 地方水利基金的申报和缴纳

小规模纳税人需要在每个季度末将地方水利基金的实际缴纳金额填写在增值税纳税申报表中，并在下一个季度的15日前缴纳上个季度的地方水利基金。

总之，小规模纳税人在计算地方水利基金时需要注意税率、扣除额等因素，并按照规定及时申报和缴纳地方水利基金。