京东自营店和旗舰店是京东商城的两种不同的销售模式。自营店是指京东平台自己经营的店铺，所有商品都由京东统一采购和发货，保证商品的质量和售后服务。而旗舰店是指品牌厂商在京东平台上开设的店铺，由品牌自己经营，品牌自行管理库存、发货和售后服务。

首先，从商品种类上来看，自营店的商品种类相对来说更加全面，覆盖面更广，这是由于京东自营店会对市场上的热销商品进行采购，并在自营店中销售。而旗舰店则是由品牌自己经营，商品种类相对较少。另外，京东自营店也会推出一些独家商品，这些商品只能在京东自营店购买，而旗舰店则没有这种情况。

其次，从价格方面来看，京东自营店的价格相对来说更加便宜，因为京东自营店和品牌合作，可以直接从生产厂家采购商品，避免了中间环节带来的成本增加，从而降低了商品价格。而旗舰店则价格相对较高，因为品牌在自己的店铺中有自主定价权，一些商品价格较高，但是在旗舰店购买的用户可以享受到品牌方提供的专属优惠。

最后，从售后服务方面来看，京东自营店和旗舰店的售后服务都非常好。京东自营店有严格的退换货政策，对商品质量有保证，而旗舰店则由品牌自己进行售后服务，有一些品牌还提供了更为个性化的售后服务。

综上所述，京东自营店和旗舰店各有优劣。用户可以根据自己的需求和偏好选择购买渠道。购买自营店商品可以获得更加优惠的价格和更广泛的选择，而购买旗舰店商品则可以享受到品牌方提供的专属优惠和更为个性化的售后服务。