南京博物馆和博物院都是南京市内著名的博物馆，但是它们各自有着独特的特点，以至于很难说哪一个更值得去。

南京博物馆是一家大型的综合性博物馆，位于南京市中心的秦淮河畔，是全国重点文物保护单位。博物馆内的藏品涵盖了中国历史、文化、艺术、自然科学等多个领域。其中最著名的莫过于明代宫廷建筑群——钟山风景区。这里保存了明代建筑、园林和遗址，是中国最完整的明代宫廷建筑群之一。此外，南京博物馆还展出了大量的文物和艺术品，如《南京市志》、《明史》、《世界珍宝展》等，是了解南京历史文化的重要窗口。

而南京博物院则是一家以文物展示和研究为主的博物馆，位于南京市东郊的明孝陵陵园内。博物院内的展品主要是汉代至明清时期的文物，如《汉墓出土文物展》、《明孝陵陵园文化展》、《清宫文物展》等。这里的文物品种齐全，数量众多，是研究中国古代文化的重要场所。此外，南京博物院还拥有大量的历史资料和研究成果，如《南京博物院馆刊》、《明孝陵研究》等，是中国文物研究的重要中心。

综上所述，南京博物馆和南京博物院都是值得一去的博物馆，但是它们的特点和展品不同，需要根据自己的兴趣和需求来选择。如果您对中国古代历史和文化感兴趣，建议去南京博物院；如果您想了解南京的历史和文化，可以去南京博物馆。