食品经营许可证是食品企业合法经营的重要凭证，其有效期通常为一年。如果食品经营许可证过期三个月，那么企业应该如何办理？

首先，企业需要了解相关法律法规，明确食品经营许可证的有效期和办理流程。根据《食品安全法》的规定，食品经营许可证过期后，企业需要在过期之日起15日内向原颁发机关申请延续有效期，逾期则需要重新申请。

其次，企业需要查找自身问题，找出导致食品经营许可证过期的原因，并采取措施加以改善，确保今后能够按时办理证件。例如，企业可能存在管理不规范、运营不善等问题，需要及时整改。

最后，企业需要按规定提交申请材料，如营业执照、食品卫生许可证等，并按时缴纳相关费用，办理食品经营许可证延续手续。在办理期间，企业需要停止食品经营活动，以免违反食品安全法规。

总之，食品经营许可证是食品企业合法经营的重要凭证，企业应该严格按照法律法规规定办理，确保自身合法经营。