二本三本合并录取分数按照以下几个因素来确定：

首先，各个高校会根据自身的招生计划和录取政策制定合理的录取分数线。包括考试科目、文理科分数线、地域差异等因素。

其次，各高校会根据考生的综合素质进行综合评定。包括高中成绩、各项竞赛、社会实践、专业特长等因素。

最后，各高校还会考虑学科专业的需求，对不同专业的录取分数线进行微调。例如，对于紧缺专业，录取分数线会相应提高。

需要注意的是，二本三本合并录取并不是简单地将二本和三本的分数线取平均数得出的，而是综合考虑了各种因素后得出的。同时，也不是所有学校都会参与合并录取，有些学校仍然会单独录取。